Алхемија вуче своје корене од египатске цивилизације где је настала као пракса и наука и израз египатске религије. Тако је египатски бог Тот, бог математике и науке, постао надахњујуц́и извор хеленистичке фигуре Хермеса Трисмегистуса, који је заузврат постао узор средњевековног Меркура.

Грци су своје учење Алхемије преузели у 4. веку пре нове ере, док је још била у Египту. Неколико грчких филозофа, научника и мистичара иницирани су у древне египатске мистерије. Алхемичари Средњег века преузели су своју уметност од Арапа у Шпанији и Јужној Италији, који су је заузврат усвојили од Грка. Дакле, алхемија се вец́ у 12. и 13. веку појављује у западној Европи преко Сицилије и Шпаније. Типична места студирања била су на универзитетима у Палерму, Толеду, Барселони и Сеговији.

Термин Алхемија је настао као комбинација арапског члана Ал и речи Кемет или Кеми која је египатски израз за црна. Црна се односи на црну земљу, што је једно од имена којим је називана плодна долина реке Нил, па и сам Египат. Алхемија је позната по веровању да се олово може претворити у злато. Међутим, трансмутација племенитих метала у злато је једноставно метафора за душу ослобођену од „мртвог, оловног стања ума“, до схватања сопствене светлосне природе која је изведена из чистог духа.

Алхемичари су веровали да је основа материјалног света била „Прима Материа“ или претежно хаотична непојавна материја, која би могла да се манифестује у појавности, ако се уобличи у неку „форму“. „Форма“ настаје у виду четири елемената: земље, воде, ватре и ваздуха. Алхемичари су увидели да је безгранична разноликост живота настала мешањем ових елемената у одређеним размерама.

Аристотел ова четири елемента међусобно разликује као четири квалитета: флуидно, суво, топло и хладно. Сваки елемент поседује два од тих примарних квалитета. Тако постоје четири могуц́е комбинације:
топло + суво -> ватра;
топло + влажно -> ваздух;
хладно + влажно -> вода;
хладно + суво -> земља

У сваком елементу преовлађује једно од два квалитета. У земљи сувоћа, у води хладноћа, у ваздуху влага, у ватри топлота. Трансмутација је на тај начин могуц́а. Било који елемент може се трансформисати у други преко заједничког квалитета. Тако ватра може постати ваздух кроз медијум топлоте, баш као што ваздух може да постане вода кроз влагу. Такође два елемента могу постати трец́и елемент ако се уклони један квалитет из сваког. Тако, ако се раздвоје од сувих и хладних особина, ватра и вода могу постати ваздух, а ако се раздвоје од топлих и течних особина, исти елементи могу створити земљу.

Размотрите једноставан пример процеса трансмутације када комад зеленог дрвета прође загрејан. Прво се капи воде формирају на исеченом крају дрвета, па дрво садржи воду, затим почиње да се ствара пара и дрво испарава па садржи ваздух, дрво затим гори демонстрирајуц́и елемент ватре и када видимо да је преостао само пепео схватимо да дрво садржи земљу. Алхемичари су посматрали друге материјале, посебно метале, на потпуно исти начин, тј. да метал свој посебан облик природе дугује специфичној сразмери четири елемента.

Савремени поглед на разноразна психолошка стања и проблеме са којима се иницијанти сусрећу такође показује присуство елемената, али у искривљеним пропорцијама. На пример, пренаглашен ум може се алхемијски приказати као вишак ватре (топло + суво). Природа покушава да интервенише испуштајући воду (сузе), чиме се ослобађа прегрејаног ума који би затим могао да се „охлади“. Међутим, често се дешава да се наша воља омета и тада блокирамо сузе чиме само повец́авамо стрес.